Chabottes, de l'occitan "cabota" ou "chabota", désignant une "cabane en pierres sèches recouverte de chaume".

Chabottes est situé sur un ancien chemin préhistorique.

Chabottes fut très tôt évangélisé par les moines de la Novolaise. Au Xe siècle, ce sont ceux de Cluny qui prirent le relais, laissant néanmoins la fondation de la paroisse à l'abbaye auvergnate de Saint-Chaffre-le-Monastier.

La seigneurie de Chabottes dépendait au Moyen-âge à la fois du Dauphin et du Seigneur de Montorcier. En 1339, Humbert II, Dauphin, donna à son écuyer (Etienne de Roux) les moulins de Chabottes, une infrastructure au revenu important pour l'époque.
Ce dernier les unit à un fief créé pour lui sous le nom de Prégentil (dont le manoir se trouve sur la commune de Saint-Jean-Saint-Nicolas).

Durant son histoire, la commune de Chabottes fut souvent secouée par les conflits, d'abord en 1369 avec son pillage par une troupe de "routiers" provençaux, puis durant les guerres de religion et enfin en 1692 avec les armées du Duc de Savoie, armées qui mirent à sac toute la région.

En 1789, la population de cette commune était de 550 âmes réparties sur 996 hectares de terres, puis monta à 714 habitants à la fin du XIXe siècle. La population locale déclina lentement par la suite, face à l'exode rural puis à la première guerre mondiale.